Năm 1652, Ivan Pokhabov đã xây dựng một zimovye (khu phố mùa đông) gần địa điểm của Irkutsk để giao dịch vàng và để thu thuế lông thú từ Buryats. Thành phố Irkutsk được thành lập năm 1661 và được nâng cấp địa vị thành thị xã từ năm 1686, nằm trên độ cao khoảng 440 m so với mực nước biển. Kết nối đường bộ đầu tiên giữa Moskva và Irkutsk, Tuyến Siberia, được xây dựng vào năm 1760 và mang lại lợi ích cho nền kinh tế thị trấn. Nhiều sản phẩm mới, thường được nhập khẩu từ Trung Quốc qua Kyakhta, lần đầu tiên được bán rộng rãi ở Irkutsk, bao gồm vàng, kim cương, lông thú, gỗ, lụa và trà. Năm 1821, là một phần của cải cách Mikhail Speransky, Siberia bị chia rẽ về mặt hành chính tại sông Yenisei và Irkutsk trở thành trụ sở của Toàn quyền Đông Siberia.

Trong nhiều thế kỷ qua, với thời tiết khắc nghiệt, Siberi đã nổi danh là nơi lưu đày. Trong quân đội của Thành Cát Tư Hãn, hình phạt dành cho người phạm tội là giết chết hoặc lưu đày đến Siberi[12]. Vào đầu thế kỷ 19, nhiều nghệ sĩ, quan chức và quý tộc đã bị biệt đày đến Siberi do đã tham gia vào cuộc cách mạng tháng Mười hai chống lại Nga hoàng Nikolai I. Irkutsk trở thành trung tâm chính của cuộc sống xã hội và trí thức của những người bị biệt đày, và phần lớn các di sản văn hóa của thành phố do những người này mang lại; nhiều ngôi nhà gỗ của họ, được trang trí công phu, chạm khắc bằng tay, tồn tại đến ngày nay, trái ngược hoàn toàn với các khối căn hộ tiêu chuẩn của Liên Xô bao quanh chúng.

Giữa thế kỷ 19, tỷ lệ người bị lưu đày trên dân bản xứ là 1/2. Những người khác nhau từ các thành viên của cuộc nổi dậy tháng 12 cho tới những người Bolshevik đã ở lại Irkutsk trong một thời gian dài. Những người này đã có ảnh hưởng mạnh mẽ đến sự phát triển và văn hóa của thành phố, khiến cho thành phố cuối cùng đã trở thành một trung tâm văn hóa giáo dục thịnh vượng của Đông Siberi.

Vào năm 1879, vào ngày 4 và 6 tháng 7, cung điện của Toàn quyền (lúc đó), cơ quan hành chính và thành phố chính và nhiều tòa nhà công cộng khác đã bị hỏa hoạn phá hủy, và kho lưu trữ của chính phủ, thư viện và bảo tàng Siberia phần của Hiệp hội Địa lý Nga đã bị hủy hoại hoàn toàn. Ba phần tư thành phố đã bị phá hủy, bao gồm khoảng 4.000 ngôi nhà. Tuy nhiên, thành phố đã nhanh chóng hồi phục, với điện đến vào năm 1896, nhà hát đầu tiên được xây dựng vào năm 1897 và một nhà ga xe lửa lớn được mở vào năm 1898. Chuyến tàu đầu tiên đến Irkutsk vào ngày 16 tháng 8 năm đó. Đến năm 1900, thành phố đã có được biệt danh là "Paris của Siberia".

Trong thời kỳ nội chiến nổ ra sau cuộc Cách mạng Bolshevik, Irkutsk trở thành địa điểm của nhiều cuộc xung đột đẫm máu và mãnh liệt giữa "Bạch vệ" và "Hồng quân". Năm 1920, Aleksandr Kolchak, chỉ huy của đội quân chống chủ nghĩa Bolshevik lớn nhất, đã bị xử tử ở Irkutsk, nơi đã tiêu diệt hiệu quả cuộc kháng chiến chống chủ nghĩa Bolshevik.

Irkutsk là trung tâm hành chính của tỉnh Đông Siberia tồn tại trong thời gian ngắn, tồn tại từ năm 1936 đến 1937. Thành phố này sau đó trở thành trung tâm hành chính của tỉnh Irkutsk sau khi tỉnh Đông Siberia được chia thành tỉnh Chita và tỉnh Irkutsk.

Trong những năm cộng sản, công nghiệp hóa của Irkutsk và Siberia nói chung được khuyến khích rất nhiều. Hồ chứa lớn Irkutsk được xây dựng trên sông Angara từ năm 1950 đến 1959 để tạo điều kiện phát triển công nghiệp.

Nhà thờ Epiphany, cung điện của thống đốc, một trường y, bảo tàng, bệnh viện quân đội và các nhà máy vương miện nằm trong số các tổ chức và tòa nhà công cộng. Tượng đài Aleksandr Kolchak, được thiết kế bởi Vyacheslav Klykov, đã được khánh thành vào năm 2004. Vào ngày 27 tháng 7 năm 2004, Giáo đường Irkutsk (1881) đã bị cắt đứt bởi một cuộc xung đột.

Vào tháng 12 năm 2016, 74 người ở Irkutsk đã chết trong một vụ ngộ độc methanol hàng loạt.

Năm 2018, theo báo cáo, nam giới ở Irkutsk chỉ sống trung bình tới 63 tuổi.

Ngày của thành phố là thứ bảy đầu tiên trong tháng 6.